1、总类（487卷）、其他（9503卷）
主要是司法律例和案件清册。巴县司法档案保存了大量巴县衙门及各级政府司法律例和案件清册，有光绪年间推行新政的大清律例篡修条例、有关法律、户律、兵律、刑律的抄本，有巴县县署与重庆府、江北理民府、川东道藩司、阜司、四川按察使、布政使司、川督准刑部、清政府刑部、吏部转发的扎、咨、谕、令、布告、通辑令；有重庆府转刑部关于严禁狱卒、役差敲诈勒索、贪官枉法的咨文；有反映清政府实行吏治改革，要求除积习、整饬吏治企图改变川省讼狱累繁、吏治未修局面的文件、告文；文中所列吏治弊端是认识清吏治腐败的有力佐证；有历年巴县承办命案盗案清册、秋审犯人册、上报自理案件清册、结案清册，各种案件登记薄，其中大量的司法管理制度、条例、县级差役编制津贴规定，是研究清代官吏制度、司法文书以及行文方式,县级司法管理体制及运行方式的珍贵资料。
2、地租（8774卷）、租佃（2942卷）
主要是反映清代巴县地区田土房屋买卖、转让、田土地价、租谷押银以及由于土地所有权、财产权转租、押租银退还，田土房屋山林地界划分、租谷偿付上发生的诉案材料。从案卷所附的大量地契、田土房屋文约可见，佃户除高于地租数倍甚至数十倍的押租银外，还受其他形式的盘剥。如光绪九年一张地契上有“押银无利，天干水旱照币约租，租谷不清押佃银中扣除；另送新米一斗，黄豆一斗，糯米一斗，鸡一对”。地主采用案田另佃，换约加押银，退佃不还押银、勒索送礼者等方法加重剥削,而佃户抗租不交，霸业不搬；黎民抱谷、阖家外逃的反抗方式在档案中俯道皆是，不胜枚举，反映了清代巴县农村在阶级剥削和压迫下，尖锐的阶级矛盾和斗争。
3、家庭（1639卷）、房屋（1551卷）、继承类（517卷）
主要是家庭成员、民族成员间就遗产继承、祖业分割、族业掌管与分配、债权转让、土地房屋买卖、疆界划分中的诉讼材料。争讼形式有：兄弟业分不均、继承与后母就遗产田业主权承继，有的图财逼嫁，有保护人私吞蒙骗继承人财产而被指控，反映了清代商品经济浪潮冲击下家庭、民族宗族关系的分崩离析。
4、命案类（5221卷）
命案诉讼中反映妇女致死资料较多，死因也是多方面的：被嫌逐出，逼寻自尽，仗富欺人，将妻辱逼服毒致死；女因无生儿屡毒殴，狠毒不容逼女自尽。而命案的具结除极少例依刑判决外，大多案件是依俗，借助村规民约、族规甚至寺规庙规代法为据而裁决的；而量刑轻重缓急依靠亲属、宗族关系、主妇、良贱、经济地位高下关系而异，从命案具结中大量“念两造至容、至案，不忍终讼拖累”而大事化小、小事化无、不了了之段言语比比皆是。导致命案发生的原因多样：有因民事纠纷引起格杀械斗致死；因租银重压、负债无偿；或被人纠裹嫖赌滥费扯空、破产偿债服毒致死命案；有因抗租抗佃被地主豪富暴打而死。
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